防水工法により異なります。
例えばシート防水であれば、雨でも可能な施工方法がありますが、下地とシートの間に水分が溜まり、それを適切に排出する必要があるためお勧めできません
また、ウレタン防水の場合は数時間かけて硬化させる必要があるため、雨が降ると硬化不良を起こす可能性があります。