防水層に異常がなければ、特に問題はありません。
陸屋根の場合は水がドレン(配水管のあるところ)に流れるように屋根自体に勾配をとっていますが、それが十分でない可能性も考えられます。
また、ドレンの近くに水が溜まる場合、防水の改修工事でもある程度水の流れを良くできます。
水たまりが気になるようであれば、お気軽にご相談くださいませ。